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Il est temps de changer notre regard sur la sensibilité du test Covid-19.La Food and Drug Administration (FDA) américaine et la communauté scientifique se concentrent actuellement presque exclusivement sur la sensibilité de détection, qui mesure la capacité d'une seule méthode de détection à détecter des protéines virales ou des molécules d'ARN.Fondamentalement, cette mesure ne tient pas compte du contexte d'utilisation du test.Cependant, lorsqu'il s'agit du dépistage généralisé dont les États-Unis ont désespérément besoin, le contexte est crucial.La question clé n'est pas de savoir dans quelle mesure une molécule peut être détectée dans un seul échantillon, mais l'infection peut-elle être détectée efficacement dans la population en réutilisant le test donné dans le cadre de la stratégie de détection globale ?La sensibilité du plan de test.
Les programmes de test conventionnels peuvent agir comme une sorte de filtre Covid-19 en identifiant, isolant et filtrant les personnes actuellement infectées (y compris les personnes asymptomatiques).Mesurer la sensibilité d'un plan de test ou d'un filtre nécessite de considérer le test dans son contexte : fréquence d'utilisation, qui est utilisé, quand il fonctionne pendant le processus d'infection et s'il est efficace.Les résultats seront rendus à temps pour éviter la propagation.1-3
La trajectoire d'infection d'une personne (ligne bleue) est représentée dans le cadre de deux programmes de surveillance (cercles) avec une sensibilité analytique différente.Des tests à faible sensibilité analytique sont souvent effectués, tandis que les tests à sensibilité analytique élevée sont rares.Les deux schémas de test peuvent détecter l'infection (cercle orange), mais malgré sa sensibilité analytique plus faible, seul le test à haute fréquence peut le détecter dans la fenêtre de propagation (ombre), ce qui en fait un dispositif de filtrage plus efficace.La fenêtre de détection de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) (verte) avant l'infectivité est très courte, et la fenêtre correspondante (violette) qui peut être détectée par PCR après l'infection est très longue.
Réfléchir aux effets d'une consommation répétée est un concept familier aux cliniciens et aux organismes de réglementation;il est invoqué chaque fois que nous mesurons l'efficacité d'un plan de traitement plutôt qu'une dose unique.Avec le développement accéléré ou la stabilisation des cas de Covid-19 dans le monde, nous devons de toute urgence déplacer notre attention d'une attention étroite vers la sensibilité analytique du test (la limite inférieure de sa capacité à détecter correctement la concentration de petites molécules dans l'échantillon ) et le test Le programme est lié à la sensibilité de la détection des infections (les personnes infectées comprennent la possibilité d'être infectées à temps pour les filtrer de la population et empêcher la propagation à d'autres).Le test au point de service, qui est assez bon marché et peut être utilisé fréquemment, a une sensibilité élevée pour détecter les infections qui agissent en temps opportun sans avoir à atteindre la limite analytique du test de base (voir figure).
Les tests dont nous avons besoin sont fondamentalement différents des tests cliniques actuellement utilisés, et ils doivent être évalués différemment.Le test clinique est conçu pour les personnes présentant des symptômes, ne nécessite pas un faible coût et nécessite une sensibilité analytique élevée.Tant qu'il y a une opportunité de test, un diagnostic clinique définitif peut être rendu.En revanche, les tests des programmes de surveillance efficaces visant à réduire la prévalence des virus respiratoires dans la population doivent renvoyer rapidement des résultats pour limiter la transmission asymptomatique, et doivent être suffisamment bon marché et faciles à réaliser pour permettre des tests fréquents, plusieurs fois par semaine.La propagation du SRAS-CoV-2 semble se produire quelques jours après l'exposition, lorsque la charge virale atteint son maximum.4 Ce moment augmente l'importance d'une fréquence de test élevée, car le test doit être utilisé au début de l'infection pour prévenir la propagation continue et réduire l'importance d'atteindre la limite moléculaire très basse des tests standard.
Selon plusieurs critères, le test clinique standard de référence de réaction en chaîne par polymérase (PCR) échoue lorsqu'il est utilisé dans les protocoles de surveillance.Après le prélèvement, les échantillons PCR doivent généralement être transportés vers un laboratoire centralisé composé d'experts, ce qui augmente les coûts, réduit la fréquence et peut retarder les résultats d'un à deux jours.Le coût et les efforts requis pour tester à l'aide de tests standard signifient que la plupart des gens aux États-Unis n'ont jamais été testés, et le court délai d'exécution signifie que même si les méthodes de surveillance actuelles peuvent effectivement identifier les personnes infectées, elles peuvent toujours propager l'infection pendant plusieurs jours.Auparavant, cela limitait l'impact de la quarantaine et du suivi des contacts.
Les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) estiment que d'ici juin 2020, le nombre de cas de Covid-19 détectés aux États-Unis sera 10 fois supérieur au nombre de cas détectés.5 En d'autres termes, malgré la surveillance, les schémas de test actuels ne peuvent détecter qu'une sensibilité de 10 % au maximum et ne peuvent pas être utilisés comme filtre Covid.
De plus, après le stade transmissible, la longue queue ARN positive est clairement décrite, ce qui signifie que, sinon la plupart, de nombreuses personnes utilisent une sensibilité analytique élevée pour détecter l'infection lors de la surveillance de routine, mais elles ne sont plus infectieuses au moment de la détection. .Détection (voir photo).2 En fait, une enquête récente du New York Times a révélé qu'au Massachusetts et à New York, plus de 50 % des infections découvertes grâce à la surveillance basée sur la PCR ont un seuil de cycle PCR au milieu de 30 à 30 s., indiquant que le nombre d'ARN viral est faible.Bien que de faibles numérations puissent indiquer une infection précoce ou tardive, la durée plus longue des queues ARN-positives indique que la plupart des personnes infectées ont été identifiées après la période d'infection.Crucial pour l'économie, cela signifie aussi que même s'ils ont dépassé le stade de la transmission infectieuse, des milliers de personnes sont toujours mises en quarantaine pendant 10 jours après le test ARN positif.
Afin d'arrêter efficacement ce filtre Covid pandémique, nous devons le tester pour activer une solution qui attrape la plupart des infections mais qui reste infectieuse.Aujourd'hui, ces tests existent sous la forme de tests antigéniques à flux latéral rapide, et des tests à flux latéral rapide basés sur la technologie d'édition de gènes CRISPR sont sur le point d'apparaître.De tels tests sont très bon marché (<5 USD), des dizaines de millions ou plus de tests peuvent être effectués chaque semaine, et peuvent être effectués à domicile, ouvrant la porte à une solution de filtrage Covid efficace.Le test d'antigène à flux latéral n'a pas d'étape d'amplification, sa limite de détection est donc de 100 ou 1000 fois supérieure à celle du test de référence, mais si l'objectif est d'identifier les personnes qui propagent actuellement le virus, cela est largement hors de propos.Le SRAS-CoV-2 est un virus qui peut se développer rapidement dans le corps.Par conséquent, lorsque le résultat du test PCR de référence est positif, le virus se développera rapidement de manière exponentielle.D'ici là, il faudra peut-être des heures au lieu de jours pour que le virus se développe et atteigne le seuil de détection des tests instantanés bon marché et rapides actuellement disponibles.Après cela, lorsque les gens obtiennent des résultats positifs aux deux tests, on peut s'attendre à ce qu'ils soient contagieux (voir figure).
Nous pensons que les programmes de tests de surveillance qui peuvent couper suffisamment de chaînes de transmission pour réduire la transmission communautaire devraient compléter plutôt que remplacer nos tests de diagnostic cliniques actuels.Une stratégie imaginative peut tirer parti de ces deux tests, en utilisant des tests à grande échelle, fréquents, bon marché et rapides pour réduire les épidémies, 1-3 en utilisant un deuxième test rapide pour différentes protéines ou en utilisant un test PCR de référence pour confirmer un résultat positif.La campagne de sensibilisation du public doit également véhiculer tout type de facture de test négatif qui n'implique pas nécessairement la santé, afin d'encourager le maintien de la distanciation sociale et le port du masque.
L'autorisation d'utilisation d'urgence (EUA) Abbott BinaxNOW de la FDA fin août est un pas dans la bonne direction.Il s'agit du premier test antigénique rapide et sans instrument permettant d'obtenir une EUA.Le processus d'approbation met l'accent sur la haute sensibilité du test, qui peut déterminer quand les gens sont les plus susceptibles de propager l'infection, réduisant ainsi la limite de détection requise de deux ordres de grandeur par rapport à la référence PCR.Ces tests rapides doivent maintenant être développés et approuvés pour un usage domestique afin de réaliser un véritable programme de surveillance à l'échelle communautaire pour le SRAS-CoV-2.
Actuellement, il n'existe aucune voie de la FDA pour évaluer et approuver le test à utiliser dans un plan de traitement, pas comme un test unique, et il n'y a aucun potentiel de santé publique pour réduire la transmission communautaire.Les agences de régulation se concentrent encore uniquement sur les tests de diagnostic clinique, mais si leur objectif affiché est de réduire la prévalence communautaire du virus, de nouveaux indicateurs peuvent être appliqués aux tests d'évaluation en fonction du cadre épidémiologique.Dans cette approche d'approbation, les compromis entre la fréquence, la limite de détection et le délai d'exécution peuvent être anticipés et évalués de manière appropriée.1-3
Afin de vaincre le Covid-19, nous pensons que la FDA, le CDC, les National Institutes of Health et d'autres agences doivent encourager une évaluation structurée des tests dans le cadre des programmes de test planifiés pour déterminer quel programme de test peut fournir le meilleur filtre Covid.L'utilisation fréquente de tests bon marché, simples et rapides peut atteindre cet objectif, même si leur sensibilité analytique est bien inférieure à celle des tests de référence.1 Un tel schéma peut également nous aider à prévenir le développement du Covid.
École de santé publique Boston Harvard Chenchen (MJM);et Université du Colorado à Boulder (RP, DBL).
1. Larremore DB, Wilder B, Lester E, etc. Pour la surveillance du COVID-19, la sensibilité des tests vient juste après la fréquence et le délai d'exécution.8 septembre 2020 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.06.22.20136309v2).Préimpression.
2. Paltiel AD, Zheng A, Walensky RP.Évaluer la stratégie de dépistage du SRAS-CoV-2 pour permettre la réouverture en toute sécurité des campus universitaires aux États-Unis.JAMA Cyber Open 2020;3(7) : e2016818-e2016818.
3. Chin ET, Huynh BQ, Chapman LAC, Murrill M, Basu S, Lo NC.La fréquence des tests de routine pour le COVID-19 dans les environnements à haut risque afin de réduire les épidémies sur le lieu de travail.9 septembre 2020 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.30.20087015v4).Préimpression.
4. He X, Lau EHY, Wu P, etc. Dynamique temporelle de l'excrétion du virus et capacité de transmission du COVID-19.Nat Med 2020 ;26:672-675.
5. Centres de contrôle et de prévention des maladies.Transcription du briefing téléphonique mis à jour du CDC sur COVID-19.25 juin 2020 (https://www.cdc.gov/media/releases/2020/t0625-COVID-19-update.html).
La trajectoire d'infection d'une personne (ligne bleue) est représentée dans le cadre de deux programmes de surveillance (cercles) avec une sensibilité analytique différente.Des tests à faible sensibilité analytique sont souvent effectués, tandis que les tests à sensibilité analytique élevée sont rares.Les deux schémas de test peuvent détecter l'infection (cercle orange), mais malgré sa sensibilité analytique plus faible, seul le test à haute fréquence peut le détecter dans la fenêtre de propagation (ombre), ce qui en fait un dispositif de filtrage plus efficace.La fenêtre de détection de la réaction en chaîne par polymérase (PCR) (verte) avant l'infectivité est très courte, et la fenêtre correspondante (violette) qui peut être détectée par PCR après l'infection est très longue.
Heure de publication : 11 mars 2021